組織檢查有多種方法：
1.體表淺層活組織檢查 小手術切取體表淺層的腫塊或病變組織標本，如皮膚、淺表淋巴結、外露的腫瘤等。
2.內窺鏡活組織檢查 在內窺鏡內用活組織鉗咬取標本，如用 胃鏡、乙狀結腸鏡、腹腔鏡、支氣管鏡和 膀胱鏡等。
3.
穿刺或抽吸活組織檢查 淋巴結、骨髓、肝臟、脾臟、腎臟等可用特殊的穿刺針穿刺，抽取組織標本。
4.
體腔穿刺液檢查 在腹腔、胸腔等處穿刺抽取液體進行檢查。
5.
手術切片檢查 把手術切除的組織固定后染色、切片，做病理細胞檢查。有條件的醫院在手術中還可以冰凍切片，馬上在手術臺旁檢查，20分鐘就可以報告結果。根據報告結果，立即決定手術治療方案。
醫生可以將取下的病變組織制成病理切片、涂片、壓片，也可以進行組織培養、組織化學染色、細胞培養等，以明確診斷。