傳染源主要是患者，其次為隱性感染者，被感染的動物也可能是一種傳染源。主要傳播途徑是帶有流感病毒的飛沫，經呼吸道進入體內。少數也可經共用手帕、毛巾等間接接觸而感染。
病毒傳入人群后，傳染性強并可迅速蔓延，傳播速度和廣度與人口密度有關。進入人體的病毒，如果不為咳嗽反射所清除，或不為機體的特異IgA抗體中和及粘膜分泌物中非特異性抑制物滅活，則可感染少數呼吸道上皮細胞，引起細胞產生空泡、變性并迅速產生子代病毒體擴散至鄰近細胞，再重復病毒增殖周期。
病毒的NA可降低呼吸道粘液層的粘度，不僅使細胞表面受體暴露，有利于病毒的吸附，而且還促進含病毒的液體散布至下呼吸道，在短期內使許多呼吸道細胞受損。流感病毒一般只引起表面感染，不引起病毒血癥。
流感病毒侵襲的目標是呼吸道粘膜上皮細胞，偶有侵襲腸粘膜的病例，則會引起胃腸型流感。
病毒侵入體內后依靠血凝素吸附于宿主細胞表面，經過吞飲進入胞漿；進入胞漿之后病毒包膜與細胞膜融合釋放出包含的ss-RNA；ss-RNA的八個節段在胞漿內編碼RNA多聚酶、核蛋白、基質蛋白、膜蛋白、血凝素、神經氨酸酶、非結構蛋白等構件；基質蛋白、膜蛋白、血凝素、神經氨酸酶等編碼蛋白在內質網或高爾基體上組裝M蛋白和包膜；在細胞核內，病毒的遺傳物質不斷復制并與核蛋白、RNA多聚酶等組建病毒核心；最終病毒核心與膜上的M蛋白和包膜結合，經過出芽釋放到細胞之外，復制的周期大約8個小時。
流感病毒感染將導致宿主細胞變性、壞死乃至脫落，造成粘膜充血、水腫和分泌物增加，從而產生鼻塞、流涕、咽喉疼痛、干咳以及其它上呼吸道感染癥狀，當病毒蔓延至下呼吸道，則可能引起毛細支氣管炎和間質性肺炎。
人群普遍易感，潛伏期長短取決于侵入的病毒量和機體的免疫狀態，一般為1～4天。起病后患者有畏寒、頭痛、發熱、渾身酸痛、乏力、鼻塞、流涕、咽痛及咳嗽等癥狀。在癥狀出現的1～2天內，隨分泌物排出的病毒量較多，以后則迅速減少。無并發癥患者發病后第3～4天就開始恢復；如有并發癥，則恢復期延長。流感的特點是發病率高，病死率低，死亡通常由并發細菌性感染所致。常見的細菌有肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌、流感嗜血桿菌等。并發癥多見于嬰幼兒、老人和慢性病（心血管疾病、慢性氣管炎和糖尿病等）患者。