乙腦病毒對熱抵抗力弱，56℃30分鐘滅活，故應在-70℃條件下保存毒株。若將感染病毒的腦組織加入50%甘油緩沖鹽水中貯存在4℃，其病毒活力可維持數月。乙醚、1：1000去氧膽酸鈉以及常用消毒劑均可滅活病毒。在酸性條件下不穩定，適宜pH8.5～9.0。
