急、慢性腎小球疾病
慢性腎小球腎炎、腎病綜合征和慢性腎衰患者的尿海藻糖酶活性均升高。已有報道說，急性腎病綜合征患者尿液NAG活性升高。這些作者得出結論：急性腎病綜合征患者可能有腎小管損害。其他調查也顯示NAG活性升高和腎病綜合征的復發有關。盡管腎小管損害患者尿NAG活性比對照組高1.5-5倍，而ELISA法測定的尿海藻糖酶蛋白濃度比對照組高6.2-200倍。
sasai-Takedatsu等也報告，在近端腎小管損害患者，尿海藻糖酶活性升高早于NAG活性升高。因此，腎小球疾病如急性期腎病綜合征患者尿海藻糖酶濃度顯著升高暗示腎小管細胞已高度損害。急性期腎病綜合征患者尿海藻糖酶蛋白含量比健康對照組高200倍，而緩解期患者與健康對照相比并不升高：沙門菌感染引起急性腎衰的患者尿海藻糖酶活性很低，但是用ELISA方法測定的麓蛋白的含最則顯著升高，是對照組的27倍，這可能是由于海藻糖酶的活性中心在爆發感染時被破壞而導致酶活性喪失。
監測重金屬鹽中毒與藥物的腎毒性
有調查報告，在氯化汞誘導的腎中毒家兔和Itai-Itai病患者以及鎘污染區的居民，其尿液中海藻糖酶的活性均升高。另有人報道氨基糖甙類藥物妥布霉素和氨芐青霉素合用導致腎小管細胞損害，檢測尿海藻糖酶活性明顯升高，且早于NAG活性升高，其與肌酐的比值（T/Cr）大于NAG/Cr。
腎小管-間質疾病
在腎小管性酸中毒、感染性或藥物性間質性腎炎、腎移植排斥反應等損害腎小管，尤其是近端腎小管的疾病，測定尿液中海藻糖酶可作為協助診斷、觀察病情及估計預后的一個靈敏而特異指標。
遺傳性疾病
Lowe綜合征是一種x一性連鎖隱性遺傳病。IshiharaR等報導Lowe綜合征患者尿海藻糖酶蛋白含量比對照組高200倍。嬰兒型多囊腎為常染色體隱性遺傳性疾病，該病胎兒羊水中海藻糖酶含量明顯升高，測定該酶有助于早期診斷及優生優育。