液泡膜質子泵由液泡膜H+-ATP酶及液泡膜焦磷酸酶組成。其中液泡膜H+-ATP酶有以下特點：分子量400KD，水解ATP的活性位點在液泡膜的細胞質一側。H+/ATP計量約為2～3。Cl-、Br-、I-等對該酶有激活作用。該酶可被硝酸鹽抑制，但不被釩酸鹽抑制。液泡膜H+-ATP酶與跨液泡膜的物質轉運有密切關系。
液泡膜上的焦磷酸酶能夠利用焦磷酸的水解而參與跨液泡膜Δμ H+的建立。
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