隨著雜交技術的成熟，lc-ms越來越顯示出優越的性能。它除了可以彌補GC-MS的不足之外，還具有以下幾方面的優點：
主要結果如下：
(1)MS具有廣泛的適應性檢測器，能夠檢測出幾乎所有的化合物，很容易解決熱不穩定化合物的分析問題。
（2）分離能力強，即使在液相色譜上沒有完全分離開，但通過MS的特征離子質量色譜圖也能分別畫出它們各自的色譜圖來進行定性定量，可以給出每一個組分的豐富的結構信息和分子量，并且定量結構十分可靠；
（3）檢測限低，MS具備高靈敏度，它可以在＜10-12g水平下檢測樣品，通過選擇離子檢測方式，其檢測能力還可以提高一個數量級以上，特別是對于那些沒有=＞ 吸收的樣品，用12 檢測更是得心應手；
（4）可以讓科學家從分子水平上研究生命科學；
（5）質譜引導的自動純化，以質譜給餾分收集器提供觸發信號，可以大大提高制備系統的性能，克服了傳統UV制備中的很多問題。