發酵
α-和β-淀粉酶在釀造由淀粉衍生的糖制成的啤酒和白酒中很重要。在發酵過程中，酵母攝取糖分并排出乙醇。在啤酒和一些白酒中，發酵開始時存在的糖分是通過“搗碎”谷物或其他淀粉源（如土豆）產生的。在傳統的啤酒釀造中，大麥麥芽與熱水混合制成“麥芽漿””，將其保持在給定的溫度，以使麥芽谷物中的淀粉酶將大麥的淀粉轉化為糖。不同的溫度優化了α或β淀粉酶的活性，從而產生了可發酵和不可發酵糖的不同混合物。在選擇醪液溫度時和谷物與水的比例，釀酒師可以改變成品啤酒的酒精含量、口感、香氣和風味。
在一些歷史悠久的酒精飲料生產方法中，淀粉轉化為糖的過程始于釀酒商咀嚼谷物以將其與唾液混合。這種做法在一些傳統飲料的家庭生產中繼續采用，例如喜馬拉雅山的chhaang、安第斯山脈的chicha和巴西和蘇里南的kasiri。
面粉添加劑
淀粉酶用于制作面包并將復雜的糖（例如淀粉（存在于面粉中））分解成單糖。然后酵母以這些單糖為食并將其轉化為乙醇和二氧化碳的廢物。這賦予了味道并使面包上升。雖然淀粉酶天然存在于酵母細胞中，但酵母需要時間才能產生足夠的這些酶來分解面包中的大量淀粉。這就是發酵時間長的面團如酸面團的原因。現代面包制作技術已將淀粉酶（通常以大麥麥芽的形式）加入面包改良劑中，從而使該過程更快，更實用，可用于商業用途。
α-淀粉酶通常被列為商業包裝研磨面粉的一種成分。長期接觸富含淀粉酶的面粉的面包師有患皮炎或哮喘的風險。
分子生物學
在分子生物學中，除了抗生素抗性外，淀粉酶的存在還可以作為選擇報告構建體成功整合的另一種方法。由于報告基因兩側是淀粉酶結構基因的同源區域，因此成功整合將破壞淀粉酶基因并防止淀粉降解，這很容易通過碘染色檢測到。
醫療用途
淀粉酶在胰酶替代療法(PERT)的使用中也有醫學應用。它是Sollpura（脂肪酶）中的一種成分，有助于將糖類分解成單糖。
其他用途
一種稱為phaseolamin的α-淀粉酶抑制劑已被測試為一種潛在的飲食輔助劑。
當用作食品添加劑時，淀粉酶的E編號為E1100，可能來源于豬胰腺或霉菌。
細菌淀粉酶也用于衣物和洗碗機洗滌劑，以溶解織物和餐具中的淀粉。
使用淀粉酶進行上述任何用途的工廠工人患職業性哮喘的風險增加。5%到9%的面包師皮膚測試呈陽性，四分之一到三分之一有呼吸問題的面包師對淀粉酶過敏。