本病的病因尚未完全闡明，由于病理上垂體有明顯的淋巴細胞浸潤，部分病人血中可檢出抗垂體抗體，故目前認為本病可能因自身免疫所致，但是，抗垂體抗體的檢出率并不高，晚近，橋本等分析1962～1995年間文獻中報道的124例淋巴細胞性腺垂體炎(其中100例經病理證實)，發現只有7例抗垂體抗體陽性，抗垂體抗體陽性率較低與所用檢測方法(免疫熒光法)不夠敏感有關，此外，不少病人同時存在其他內分泌腺的自身免疫性炎癥，這也支持本病系自身免疫所致的觀點。
關于自身免疫的原因，目前尚不很清楚，由于絕大多數病人為妊娠或產后的婦女，因此有學者認為自身免疫可能與妊娠有關，妊娠時(特別是晚期妊娠)垂體腫大，血供增加，易于發生一些微小的損傷，從而使垂體抗原暴露；此外，妊娠還會引起機體免疫狀態的變化，使機體易于產生自身免疫反應，其他一些自身免疫性內分泌疾病(如沉寂性甲狀腺炎)也好發于妊娠期，支持妊娠與自身免疫有關的觀點，曾有人報道本病可發生于顱內病毒感染后，故本病的自身免疫反應可能與病毒感染也有一定關系。
目前對引起垂體自身免疫反應的自身抗原的本質尚不清楚，Crock等在淋巴細胞性垂體炎中檢測到一種抗49KDa垂體蛋白的抗體，這種49KDa抗原究竟是什么目前也不清楚，此外，淋巴細胞性腺垂體炎的自身抗體和淋巴細胞性漏斗神經垂體炎的自身抗體也不同，前者主要針對腺垂體細胞，后者則針對分泌血管升壓素的細胞。