潰瘍性結腸炎的病因至今仍不明。基因因素可能具有一定地位。心理因素在疾病惡化中具有重要地位,原來存在的病態精神如抑郁或社會距離在結腸切除術后明顯改善。有認為潰瘍性結腸炎是一種自身免疫性疾病。
目前認為炎性腸病的發病是外源物質引起宿主反應、基因和免疫影響三者相互作用的結果。