阿米巴病的臨床表現較多變化，常有遷延現象，即病程延長，癥狀隱顯無常。按WHO建議的臨床分型可分為無癥狀的帶蟲感染和有癥狀的侵襲性感染。前者占90％以上，絕大多數系復合體中非侵襲種的感染。后者又分腸阿炎巴病（包括阿米巴痢疾、腸炎，阿米巴腫，阿米巴性闌尾炎等）和腸外阿米巴病（包括阿米巴肝、肺、腦膿腫及皮膚阿米巴病等）兩類。
典型的阿米巴痢疾以常伴有腹絞痛及里急后重、含膿血糖液便的急性腹型的痢疾已不多見，大多表現為亞急性或慢性遷延性腸炎，可伴有腹脹、消瘦、貧血等。腸外阿米巴病以阿米巴肝膿腫最多見，系血行播散，好發于肝右葉，常伴腸阿米巴病史，大多起病緩慢，有弛張熱、肝腫大、肝區痛及進行性消瘦、貧血和營養性水腫等。
阿米巴肺膿腫較少見，有肝源性和腸源性。前者多由阿米巴肝膿腫直接穿破所致；后紗血路傳播，病灶不限于右下葉。極少數情況下，肝膿腫可穿入心包、穿破腹壁。腸道阿米巴也可進入肛周、陰道、尿道等引起相應部位的膿腫或炎癥。常見并發癥有腸炎、阿米巴腫、阿米巴性闌尾炎等。