初級溶酶體是在高爾基體的trans面以出芽的形式形成的，其形成過程如下：
內質網上核糖體合成溶酶體蛋白→進入內質網腔進行N-連接的糖基化修飾，溶酶體酶蛋白先帶上3個葡萄糖、9個甘露糖和2個N-乙酰葡萄糖胺，后切除三分子葡萄糖和一分子甘露糖→進入高爾基體Cis面膜囊→N-乙酰葡糖胺磷酸轉移酶識別溶酶體水解酶的信號斑→將N-乙酰葡糖胺磷酸轉移在1~2個甘露糖殘基上→在中間膜囊由N-乙酰葡萄糖苷酶切去N-乙酰葡糖胺形成M6P配體→與trans膜囊上的受體結合→選擇性地包裝成初級溶酶體。
