在大腦和神經科學中的應用
激光掃描共聚焦顯微鏡分層掃描發現神經軸突的內部結構連續性好。用激光掃描共聚焦顯微鏡能觀察到腦干組織中神經軸突的正常走向，可排除在熒光顯微鏡下由此造成的一些病理假象。并且激光掃描共聚焦顯微鏡能觀察神經軸突的三維結構，因此應用 CLSM 有可能觀察到普通光鏡下未能發現的神經組織的細微病變[11]。
在眼科研究中的應用
利用激光掃描共聚焦顯微鏡可以觀察晶狀體，角膜、視網膜、虹膜和睫狀體的結構和病理變化[12]。
在骨科研究領域中的應用
激光掃描共聚焦顯微鏡在骨科研究領域的應用現狀表明，CLSM在觀測骨細胞形態學研究、骨細胞特異性蛋白（骨鈣素）以及骨細胞之間的相互作用具有顯著的優勢。