探測裝置比較典型。方法是將雜交后的芯片經處理后固定在計算機控制的二維傳動平臺上，并將一物鏡置于其上方，由氬離子激光器產生激發光經濾波后通過物鏡聚焦到芯片表面，激發熒光標記物產生熒光，光斑半徑約為5－10μm。同時通過同一物鏡收集熒光信號經另一濾波片濾波后，由冷卻的光電倍增管探測，經模數轉換板轉換為數字信號。通過計算機控制傳動平臺X－Y方向上步進平移，DNA芯片被逐點照射，所采集熒光信號構成雜交信號譜型，送計算機分析處理，最后形成20μm象素的圖像。這種方法分辨率高、圖像質量較好，適用于各種主要類型的DNA芯片及大規模DNA芯片雜交信號檢測，廣泛應用于基因表達、基因診斷等方面研究。