激素調節糖異生作用對維持機體的恒穩狀態十分重要，激素對糖異生調節實質是調節糖異生和糖酵解這兩個途徑的調節酶以及控制供應肝臟的脂肪酸，更大量的脂肪酸的獲得使肝臟氧化更多的脂肪酸，也就促進葡萄糖合成，胰高血糖素促進脂肪組織分解脂肪，增加血漿脂肪酸，所以促進糖異生；而胰島素的作用則正相反。胰高血糖素和胰島素都可通過影響肝臟酶的磷酸化修飾狀態來調節糖異生作用，胰高血糖素激活腺苷酸環化酶以產生cAMP，也就激活cAMP依賴的蛋白激酶，后者磷酸化丙酮酸激酶而使之抑制，這一酵解途徑上的調節酶受抑制就刺激糖異生途徑，因為阻止磷酸烯醇式丙酮酸向丙酮酸轉變。胰高血糖素降低2，6-二磷酸果糖在肝臟的濃度而促進1，6-二磷酸果糖轉變為6磷酸果糖，這是由于2，6-二磷酸果糖是果糖二磷酸酶的別位抑制物，又是6磷酸果糖激酶的別位激活物，胰高血糖素能通過cAMP促進雙功能酶（6磷酸果糖激酶2/果糖2，6-二磷酸酶）磷酸化。這個酶經磷酸化后就滅活激酶部位卻活化磷酸酶部位，因而2，6-二磷酸果糖生成減少而被水解為6磷酸果糖增多。這種由胰高血糖素引致的2，6-二磷酸果糖下降的結果是6磷酸果糖激酶1活性下降，果糖二磷酸酶活性增高，果糖二磷酸轉變為6磷酸果糖增多，有利糖異生，而胰島素的作用正相反。
除上述胰高血糖素和胰島素對糖異生和糖酵解的短快調節，它們還分別誘導或阻遏糖異生和糖酵解的調節酶，胰高血糖素/胰島素比例高誘導大量磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶 [4] ，果糖6-磷酸酶等糖異生酶合成而阻遏葡萄糖激酶和丙酮酸激酶的合成。