炎癥腸病性關節炎的主要病理表現為滑膜炎、附著點炎，表現淋巴細胞、漿細胞及少量多核白細胞浸潤。潰瘍性結腸炎黏膜病理學檢查：活動期慢性炎細胞和中性粒細胞浸潤、隱窩炎或膿腫形成、黏膜糜爛潰瘍和杯狀細胞減少等；緩解期中性粒細胞消失、隱窩排列紊亂、上皮與黏膜肌層間隙增大及潘氏細胞化生等；克羅恩病活檢可見裂隙狀潰瘍、非干酪性肉芽腫等改變。
