慢性細菌性痢疾：常有急性細菌性痢疾史，糞便檢查可分離出痢疾桿菌，結腸鏡檢查取黏液膿性分泌物培養的陽性率較高，抗菌治療有效。
阿米巴腸炎：主要侵襲右結腸，也可累及左側結腸，結腸潰瘍較深，邊緣潛行，潰瘍間黏膜多正常，糞檢多可找到阿米巴滋養體包囊，抗阿米巴治療有效。
血吸蟲病：有疫水接觸史，常有肝脾大，糞檢查可發現血吸蟲卵，孵化毛蚴陽性。直腸鏡檢查在急性期可見黏膜黃褐色顆粒，活檢黏膜壓片或組織病檢可發現血吸蟲卵。
大腸癌：見于中年以后，經直腸指檢可觸及腫塊，結腸鏡及X線鋇劑灌腸檢查對診斷有價值。
腸易激綜合征(IBS)：糞便有黏液但無膿血，顯微鏡檢正常或僅見少量白細胞，結腸鏡檢查無器質性病變證據。
其他
腸結核：腸結核病變主要涉及回盲部，有時累及臨近結腸，但不呈節段分布，瘺管及肛門直腸周圍病變少見；結核菌素試驗陽性。
小腸惡性淋巴瘤：原發性小腸惡性淋巴瘤往往長時間內局限在小腸和（或）鄰近腸系膜淋巴結，部分患者腫瘤可呈多灶性分布，如X線檢查見小腸和結腸同時受累、節段性分布、裂隙狀潰瘍、鵝卵石征、瘺管形成等有利于克羅恩病診斷；若檢查見一腸段內廣泛侵襲，呈較大的壓指痕或充盈缺損，B超或CT檢查腸壁明顯增厚，腹腔淋巴結腫大較多支持小腸惡性淋巴瘤診斷，必要時可手術探查。
