1熱式氣體質量流量計響應慢 熱式氣體質量流量計的響應慢，時間常數一般在 2~5s 較快者為 0.5s 有些型號長達十幾秒到幾十秒。
2 易產生液體凝結的管道處不宜安裝熱式氣體質量流量計，由于熱式氣體質量流量計的測量原理是利用熱擴散技術，即測量信號大小依賴于氣體的冷卻速度 因此在易產生液體凝結的管道處不宜安裝熱式氣體流量計 有些情況下，難免有液滴附著在傳感頭上因此應使傳感頭朝上安裝，以避免凝結液流到傳感頭上。
3 混合氣的變化對熱式氣體質量流量計的質量流量測量也有影響。對于被測量氣體組分變化較大的場所 因 cp 值和熱導率變化， 測量值會有較大變化而產生誤差 對小流量而言，儀表會給被測氣體帶來相當熱量對于熱分布式，被測氣體若在管壁沉積垢層影響測量值 必須定期清洗。
5對細管型儀表更有易堵塞的缺點，一般情況下不能使用，對脈動流在使用上將受到限制，對于粘性流體在使用上亦受到限制。