燃料電池內阻是個重要的測試指標，它是衡量電子傳導難易程度的主要標志，也是決定電堆發電效率的關鍵參數。燃料電池內阻能反應內部溫度、濕度等重要參數的變化，通過對燃料電池內阻進行在線測試，可以獲取電堆運行的實時動態信息，便于對燃料電池進實時監控和健康診斷，這對提高燃料電池耐久性具有非常重要的意義。
燃料電池內阻含有感抗和容抗，大小在毫歐、微歐級，而且具有時變特性，對其測試較為困難。美國的ElectroChem公司TVN系統公司和Scribner公司、加拿大Greenlight公司和FuelCon Systems公司、日本菊水公司等都有燃料電池內阻測試系統，可以滿足大部分測量要求。
燃料電池內阻測試方法如下：
（1）電流阻斷法
電流阻斷法是當前使用zui廣泛的一種測量燃料電池內阻的方法，這種方法在用于測試燃料電池之前普遍用于測試蓄電池的內阻。這種測試方法容易實現，但要頻繁世切斷燃料電池的電流，會嚴重影響燃料電池的壽命。
（2)電化學阻抗譜法
電化學阻抗譜法是以小振幅的正弦電流信號（一般為燃料電池輸出電流的5%）作激勵燃料電池進行擾動，然后測定其響應信號的測量方法。這種方法需要用到電子負載與頻譜分析儀，也是一種比較理想的有效的測試方法。