甲硝唑口服吸收良好，生物利用度80%以上。口服0．25g、0．5g和2g1～2小時后的血藥峰濃度(Cmax)分別為6mg/L、12mg/L和40mg/L，達峰時間(Tmax)為1～2小時。廣泛分布于各組織和體液中，且能通過血-腦脊液屏障。唾液、膽汁、乳汁、羊水、精液、尿液、膿液和腦脊液等中藥物的濃度均與同期血藥濃度相近，并都能達到有效濃度。蛋白結合率小于20%。部分在肝臟代謝。代謝物也具有抗菌作用。血消除半衰期(t1/2β)為7～8小時，60%～80%經腎排泄，其中20%為原形，其余為代謝物(25%為葡萄糖醛酸結合物，14%為其他代謝結合物)。10%隨糞便排泄，14%從皮膚排泄。
芬布芬口服后2小時左右80%被吸收。活性代謝物的血濃度在6—8小時達峰值。半衰期(tl/2)較長，約7小時，但72小時仍在血中可以測到濃度。血漿蛋白結合率為98%～99%。66%由尿排出，10%由呼吸道排出，10%由糞便排出。
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