（1）兒童和老年人 有關兒童慢性丙型病毒性肝炎的治療經驗尚不充分。初步臨床研究結果顯示，IFNα單一治療的SVR率似高于成人，對藥物的耐受性也較好。65歲或70歲以上的老年患者原則上也應進行抗病毒治療，但一般對治療的耐受性較差。因此，應根據患者的年齡、對藥物的耐受性、并發癥（如高血壓、冠心病等）及患者的意愿等因素全面衡量，以決定是否給予抗病毒治療。
（2）酗酒及吸毒者 慢性酒精中毒及吸毒可能促進HCV復制，加劇肝損害，從而加速發展為肝硬化甚至HCC,的進程。由于酗酒及吸毒患者對于抗病毒治療的依從性、耐受性和SVR率均較低，因此，治療丙型肝炎必須同時戒酒及戒毒。
（3）合并HBV或HIV感染者 合并HBV感染會加速慢性丙型病毒性肝炎向肝硬化或HCC的進展。對于HCVRNA陽性/HBVDNA陰性者，先給予抗HCV治療；對于兩種病毒均呈活動性復制者，建議首先以IFNα加利巴韋林清除HCV，對于治療后HBVDNA仍持續陽性者可再給予抗HBV治療。對此類患者的治療尚需進行深入研究，以確定最佳治療方案。
合并HIV感染也可加速慢性丙型病毒性肝炎的進展，抗HCV治療主要取決于患者的CD4+細胞計數和肝組織的纖維化分期。免疫功能正常、尚無即刻進行高活性抗逆轉錄病毒治療（HAART）指征者，應首先治療HCV感染；正在接受HAART治療、肝纖維化呈S2或S3的患者，須同時給予抗HCV治療；但要特別注意觀察利巴韋林與抗HIV核苷類似物相互作用的可能性，包括乳酸酸中毒等。對于嚴重免疫抑制者（CD4+陽性淋巴細胞<2×108/L），應首先給抗HIV治療，待免疫功能重建后，再考慮抗HCV治療。
（4）慢性腎功能衰竭 對于慢性丙型病毒性肝炎伴有腎功能衰竭且未接受透析者，不應進行抗病毒治療。已接受透析且組織病理學上尚無肝硬化的患者（特別是準備行腎移植的患者），可單用IFNα治療（應注意在透析后給藥）。由于腎功能不全的患者可發生嚴重溶血，因此，一般不應用利巴韋林聯合治療。
（5）肝移植后丙型病毒性肝炎復發 HCV相關的肝硬化或HCC患者經肝移植后，HCV感染復發率很高。IFNα治療對此類患者有效果，但有促進對移植肝排斥反應的可能，可在有經驗的專科醫生指導和嚴密觀察下進行抗病毒治療。
丙型病毒性肝炎抗病毒治療療程長，副作用較大，需要在有經驗的專家評估指導下安全用藥；在治療期間需及時評估療效，根據應答指導治療，并同時密切監控藥物的不良反應，盡量避免嚴重不良反應的發生。