環狀RNA研究方法（二）

在此基礎上，哪些環狀RNA分子發生了差異表達？在這里火山圖、Venn圖應有盡有。根據p<=0.05和FC>=2的標準，一共發現42個環狀發生上調，47個環狀發生下調。

圖3. 差異環狀RNA的篩選

2. 差異環狀RNA分子的qPCR驗證

對于一篇做譜的文章，差異環狀RNA的結果驗證只需做到qPCR即可。對5個上調和5個下調的環狀RNA分子低通量qPCR結果和高通量的測序結果一致。

圖4. 差異RNA分子的qPCR驗證

3. 差異表達的環狀RNA分子功能預測

GO分析和Pathway分析作為功能預測當中必不可少的一部分也被涵蓋在本研究當中，包括結合、催化、細胞因子和細胞分泌等GO條目均發生富集。KEGG分析預測結果顯示差異環狀RNA的靶基因與MAPK信號通路相關（Cacna1e、Mras、 Prkcb、Ptpn7），要知道最近的報道顯示EGF介導的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信號通路活化與腸道干細胞增值相關。

圖5. 差異表達環狀RNA分子的功能預測

海綿機制預測ceRNA網絡圖。按照海綿機制的反式調控方式，該網絡中包括42個上調和48個下調的環狀RNA分子，以及預測相互結合的22個靶基因mRNA。

圖6. ceRNA網絡圖

總結：

通過文章解析我們看到這是一篇典型的環狀RNA分子做譜文章，文章中展示的結果同大部分做譜文章類似，從表達、差異、富集到靶基因預測，從頭到尾一氣呵成，但是這樣一篇做譜的文章能發表在5.5分的雜志上面是有他的原因的。首先該研究是首次在輻射條件下研究腸道細胞中環狀RNA分子的變化，處理方式和解決問題的角度較以往不同，其次生信分析全面并且準確，富集分析當中多個跟腸道細胞增殖、應激過程中的信號通路以及基因相關，說明環狀在整個細胞生物學變化過程中起到了重要作用。這樣一篇經濟實惠且思路清晰的文章相信是環狀RNA分子做譜的典范，如果老師您也希望短平快的發表這樣一篇文章，歡迎咨詢上海云序生物，我們會給您最好的科研服務。