琥珀酸-Q氧化還原酶，又稱“復合體II”或“琥珀酸脫氫酶”，是電子傳遞鏈的第二個入口。它很特別，因為它是唯一一個既屬于三羧酸循環、又屬于電子傳遞鏈的酶。復合體II包含四個蛋白質亞基，一個附著的黃素腺嘌呤二核苷酸（FAD）輔因子，鐵硫簇，和一個不參與將電子轉移到輔酶Q、但被認為在降低氧化物活性上起重要作用的血紅素基團。它將琥珀酸氧化為延胡索酸，將泛醌還原。該反應釋放的能量比氧化NADH少，因此復合體II不運輸質子穿過膜，不會影響質子梯度。
一些真核生物，如寄生蟲豬蛔蟲，有類似復合體II的延胡索酸還原酶（甲基萘醌:延胡索酸氧化還原酶，又稱QFR），但功能相反，其氧化泛醌而還原延胡索酸。這使蠕蟲可以在大腸的厭氧環境中生活，將延胡索酸作為電子受體進行厭氧氧化磷酸化。復合體II的另一種非常規功能在引起瘧疾的寄生蟲“惡性瘧原蟲”中得到體現。在這里作為氧化酶，復合體II的逆作用對泛酚的再生很重要，寄生蟲將其用于一個不尋常的生物合成嘧啶的方式。