瓊脂糖凝膠電泳儀是以瓊脂糖凝膠作為載體的電泳，廣泛用于核酸的研究。瓊脂糖凝膠是從瓊脂中精制出來的白色膠狀多糖，是由1，3連接的β－D吡喃半乳糖和1，4連接的3，6脫水β－D吡喃半乳糖交替而成的中性物質。瓊脂糖由于氫鍵和其它力的作用使其相互盤繞成繩狀瓊脂糖束，而形成大網孔型凝膠。
一、高純度瓊脂糖凝膠：
適用于DNA的分離和鑒定。
二、高強度瓊脂糖凝膠：
適用于大分子的分離或濃度小于0.5%時使用。
三、高篩分瓊脂糖凝膠：
主要用于100～1200bp的小片段DNA的分離，可分辨相差4個堿基的DNA。
四、低熔點瓊脂糖凝膠（65℃）：
適用于回收DNA片段，保持凝膠中回收樣品的穩定性和活性。