瓊脂糖凝膠電泳是以瓊脂糖為介質，對不同大小的DNA 或 RNA 實現分離的一種電泳方法。瓊脂糖是一種多糖，具有親水性，但是不帶電荷。
使得 DNA 在堿性條件下使其帶負電荷（pH8.0 的緩沖液），在電流作用下，以瓊脂糖凝膠為介質，由負極向正極移動，根據不同的 DNA 分子片段的大小和形狀不同，在電場中泳動的速率也不相同，同時在樣品中加入染料能夠和DNA 分子間形成絡合物，經過紫外照射，可以看到 DNA 的位置，從而達到分離、鑒定的目的。
瓊脂糖凝膠電泳注意事項
底板一定要用膠帶封緊，否則灌膠時凝膠會漏出。可以在灌膠時先倒少量凝膠在交界處，利用凝固的凝膠將其封緊。
梳子一定不能插到底部，應距離底部1-2mm，否則拔梳子時容易弄破凝膠，導致漏膠，加熱時應注意不要讓瓊脂糖沸騰得太厲害，稍稍沸騰至溶液清涼，即其全部溶解即可，過度沸騰會導致凝膠實際濃度的提高。
將凝膠放入電泳槽時要注意極性，不要正負極顛倒。要注意撕去兩端的封帶，凝膠的濃度與待分離的DNA的大小有關。一般濃度為1%，低濃度的膠特別易碎，要注意。
