實驗方法原理 瓊脂糖是 D- 和 L- 半乳糖殘基通過 α (1→3)和 β (1→4) 糖苷鍵交替構成的線狀聚合物。L- 半乳糖殘基在 3 和 6 位之間形成脫水連接。瓊脂糖鏈形成螺旋纖維，后者再聚合成半徑 20~30 nm 的超螺旋結構。
實驗材料 DNA 樣品DNA 大小標準品
試劑、試劑盒 瓊脂糖溶液電泳緩沖液溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液凝膠載樣緩沖液
儀器、耗材 瓊脂糖凝膠電泳儀封膠帶微波爐或沸水浴電源裝置水浴
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
瓊脂糖溶液
電泳緩沖液（常用 1X TAE 或 0.5X TBE)
溴化乙錠或 SYBR Gold 染色液
6X 凝膠載樣緩沖液
2. 核酸和寡核苷酸
DNA 樣品
DNA 大小標準品
3. 專用設備
瓊脂糖凝膠電泳儀
封膠帶
微波爐或沸水浴
可以提供 500V 和 200mA 的電源裝置
55℃ 水浴
二、方法
1. 用封邊帶封住塑料托盤開放的兩邊或清潔干燥的玻璃板的邊緣形成一個模具，置一個水平支架上。
2. 配制足量的電泳緩沖液（1X TAE 或 0.5X TBE) 用以灌滿電泳槽和配制凝膠。
3. 根據欲分離 DNA 片段大小用電泳緩沖液配制適宜濃度瓊脂糖溶液：應準確稱量瓊脂糖干粉加到盛有定好量的電泳緩沖液的三角燒瓶或玻璃瓶中。
4. 用 Kimwipes 松松地塞住三角燒瓶頸部，如用玻璃瓶一定松松地蓋住。在沸水浴或微波爐內加熱至瓊脂糖熔化。
5. 用隔離手套或夾子轉移三角燒瓶或玻璃瓶到 55℃ 水浴。待熔化的凝膠稍冷卻后加入溴化乙錠，終濃度為 0.5 μg/ml。輕輕地旋轉以充分混勻凝膠溶液。
6. 瓊脂糖溶液正在冷卻時，用一個合適的梳子形成加樣孔。梳齒的位置應在托盤底面上 0.5~1.0 mm，這樣瓊脂糖澆灌到托盤時將形成符合要求的加樣孔。
7. 澆灌溫熱的瓊脂糖溶液進入模具。
8. 讓凝膠溶液完全凝結，室溫下 30~45 min。加少量電泳緩沖液于凝膠頂部，小心拔出梳子。倒出電泳緩沖液。輕輕撕去封邊膠帶，將凝膠安放到電泳槽內。
9. 向電泳槽加入電泳緩沖液，剛好沒過凝膠約 1 mm。
10. 混合 DNA 樣品和 0.2 倍體積 6X 載樣緩沖液。
11. 用微量移液器及一次性吸頭，或拉長的巴斯德吸管，或玻璃毛細管將樣品混合液緩慢加至浸沒凝膠的加樣孔內。分子質量標準應分別加至樣品孔的左側和右側的兩個孔內。
12. 關上電泳槽蓋，接好電極插頭。DNA 應向陽極（紅色插頭）側泳動。給予 1~5 V/cm 的電壓，其中距離以陽極至陰極之間的測量為準。如電極插頭連接正確， 陽極和陰極由于電解作用將產生氣泡，并且幾分鐘內溴酚藍從加樣孔遷移進入膠體內。待溴酚藍和二甲苯氰 FF 遷移到適當距離后再停止電泳。
13. 當 DNA 樣品或染料在凝膠中遷移了足夠距離時，關上電源、拔出電極插頭和打開電泳槽蓋。若凝膠和緩沖液有溴化乙錠即用紫外燈觀察凝膠和照相。否則凝膠在含溴化乙錠（0.5 μg/ml) 的水或電泳緩沖液中室溫浸染 30~45 min, 或者用電泳緩沖液 1:10000 稀釋的 SYBR Gold 貯備液浸染。