在中樞神經系統，尤其是在脊椎里，甘氨酸是一個抑制性神經遞質。假如甘氨酸接受器被激活，氯離子通過離子接受器進入神經細胞導致抑制性突觸后電位。馬錢子堿是這些離子接受器的拮抗物。在鼠體內其LD50指標為0.96毫克/千克體重，死因是超興奮性。在中樞神經系統中甘氨酸與谷氨酸同是激動劑。甘氨酸以往一直被認為是除了GABA以外最重要的抑制性神經遞質。甘氨酸在CNS中有廣泛的分布,在神經信號的傳遞以及參與各種生理和病理反應中起著的重要基礎作用。
研究表明，甘氨酸提高了新生仔豬小腸上皮細胞的生長與增殖以及抗氧化應激的能力，促進了新生仔豬小腸黏膜發育；同時，日糧中添加甘氨酸提高了新生和斷奶仔豬的生長性能，促進了腸道發育與健康。