等電點沉淀分離法是利用兩性電解質在等電點時溶解度最小的性質，不同的兩性電解質其等電點不同，其在電中性時溶解度不同，可用于某些兩性電解質的分離，如氨基酸、蛋白質和核苷酸等生物分子。
為了增加沉淀效果，往往在等電點時再加上其它沉淀因素。
等電點沉淀分離法一般不單獨使用，常與鹽析分離法、有機溶劑沉淀分離法一起使用，以提高沉淀分離能力。
最后經離心機分離后獲得沉淀物和上清液。
