生物活性肽的制備方法可分為直接提取法、人工合成法和蛋白質降解法三種。
直接提取法就是利用各種分離純化技術， 直接從自然界生物體中提取出各種生物活性肽。由于這些生物活性肽是生物體本身所含有的，并且在生物體中含量很低，如果要把這些活性肽從生物體中分離出來獲得較高純度的產物，成本很高。
人工合成生物活性肽的途徑主要有三條：化學合成法、酶合成法和重組DNA 技術。化學合成途徑主要是固相合成法和液相合成法，化學合成法的缺點：具有消旋化和副反應；需要對肽側鏈中的基團進行保護；需要過量的鏈接試劑和酰基載體；鏈接試劑的毒性殘留影響制品質量和環境 。酶合成法相對有很多優點，如反應溫和, 酶催化位置有方向性等，但反應副產物多，產率過低。而使用DNA 重組技術只能合成大分子肽類和蛋白質，對人類主要需求的具有營養價值的小肽，這種方法也不適用。
蛋白質水解產生的活性肽主要是以化學法和酶法水解而來。化學法以酸或堿斷開蛋白質肽鍵，由于反應環境較極端, 不利于活性的保持 [10] 。酶法水解蛋白質生產的活性肽安全性高、無副作用 ，能在溫和的條件下進行定位水解分裂產生特定的肽，且水解過程易于控制。酶法生產活性肽工藝一般流程為：選擇原料蛋白——預處理——酶解——分離——精制——成品。