作為載體必須是固體片狀或者膜、表面帶有活性基因，以便于連接并有效固定各種生物分子。目前制備芯片的固相材料有玻片、硅片、金屬片、尼龍膜等。目前較為常用的支持材料是玻片，因為玻片適合多種合成方法，而且在制備芯片前對玻片的預處理也相對簡單易行。
玻璃片、PVDF膜、聚丙烯酰氨凝膠、聚苯乙烯微珠、磁性微珠。
點樣機
分離純化、壙增、獲取其中的蛋白質或DNA、RNA并用熒光標記， 才能與芯片進行反應。用DNA芯片做表達譜研究時，通常是將樣品先抽提MRNA，然后反轉錄成CDNA。同時摻入帶熒光標記的dCTP或dUTP。
包括原位合成和預合成后點樣。
原位合成：適用于寡核苷酸，通過光引導蝕刻技術。已有P53、P450，BRCAI/BRCA2 等基因突變的基因芯片。
預合成后點樣：是將提取或合成好的多肽、蛋白、寡核苷酸、cDNA、基因組DAN等通過特定的高速點樣機器人直接點在芯片上。該技術優點在于相對簡易低廉，被國內外廣泛使用。
接觸式點樣：是指打印針從多孔板取出樣品后直接打印在芯片上。打印時針頭與芯片接觸。優點是探針密度高，通常一平方厘米可打印2500個探針。缺點是定量準確性及重現性不太好。
非接觸式點樣：針頭與芯片保持一定距離。優點是定量準確重現性好，缺點是噴印的斑點大，密度低。通常一平方厘米只有400點。但是日本佳能公司能把噴印點直徑大小由150-100μm降到30-25μm。可將哺乳動物整個基因組DNA點陣于一張芯片上成為可能。