目前商業化的生物質譜儀，其離子化方式主要是電噴霧電離與基質輔助激光解吸電離，前者常采用四極桿質量分析器，所構成的儀器稱為電噴霧（四極桿）質譜儀（ESI-MS），后者常用飛行時間作為質量分析器，所構成的儀器稱為基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜儀（MALDI-TOF-MS）。
ESI-MS的特點之一是可以和液相色譜、毛細管電泳等現代化的分離手段聯用，從而大大擴展了其在生命科學領域的應用范圍，包括藥物代謝、臨床和法醫學的應用等；
MALDI-TOF-MS的特點是對鹽和添加物的耐受能力高，且測樣速度快，操作簡單。
此外，可用于生物大分子測定的質譜儀還有離子阱（ion trap,IT）質譜和傅里葉變換離子回旋共振（Fourier transform ion cyclotron resonance,FTICR）質譜等。
而近面市的新型的生物質譜儀是液相色譜-電噴霧-四極桿飛行時間串聯質譜儀（LC-ESI-MS-MS）與帶有串聯質譜功能的MALDI-TOF質譜儀，前者是在傳統的電噴霧質譜儀的基礎上采用飛行時間質量分析器代替四極桿質量分析器，大大提高了儀器的分辨率、靈敏度和質量范圍，其商品名有Q-TOF和Q-STAR等；后者是在質譜中加入了源后降解（post-source decay,PSD）模式或碰撞誘導解離（collisionally induced dissociation,CID）模式，從而使生物大分子的測序成為可能。