實驗方法原理 經過氯化銫梯度離心所純化的 DNA 中的溴化乙錠可以通過離子交換層析法去除,隨后則用乙醇沉淀去除氯化銫。
實驗材料 DNA 樣品
試劑、試劑盒 乙醇HClNaCl酚氯仿TETEN 緩沖液
儀器、耗材 Dowex AG50W-X8
實驗步驟
一、材料
1. 緩沖液和溶液
乙醇,HCl (1 mol/L) ,NaCl ( 5 mol/L),酚,酚:氯仿(1:1,V/V) ,TE ( pH 8.0),TEN 緩沖液,含 0.2% 疊氮鈉的 TEN 緩沖液。
2. 核酸和寡核苷酸
經過氯化銫梯度離心純化的 DNA 樣品。
3. 離心機和轉子
Sorvall SS-34 轉子或相當產品
4. 專用設備
Dowex AG50W-X8 ( 100~200 目,干燥尺寸)(Dowex AG50W-X8 為一種陽離子交換樹脂,可從 BioRad 公司獲得。),玻璃棉,折光儀(可選)(盡管并非必需,但在估計氯化銫溶液密度時折光儀十分有用。)。
二、方法
1. 使用前,平衡 Dowex AG50 樹脂:
(1) 將約 20 g Dowex AG50 樹脂溶于約 100 ml 的 1 moI/L NaCI 中,攪拌 5 min。待樹脂下沉后,吸出上清棄去。
(2) 加入約 100 ml 的 1 mol/L HCl 繼續攪拌懸浮液 5 min。樹脂下沉后,吸出上清棄去。
(3) 用水繼續重復此步驟兩次(每次 100 ml ),再用 100 ml TEN 緩沖液洗一次。
(4) 于 4℃ 將樹脂貯存于含 0.2% 疊氮鈉的 TEN 緩沖液中。
2. 如圖所示,在巴斯德吸管中裝成一個 1 ml 的 Dowex AG50 小柱。
3. 去掉樹脂上的緩沖液,用 2 倍體積的 TE ( pH 8.0 ) 洗柱,再將含溴化乙錠和氯化銫的 DNA 直接加到樹脂上。
4. 立即開始收集層析柱的流出液。當所有的 DNA 溶液進入柱子后,用 1.2 倍柱床體積的 TE ( pH 8.0 ) 洗脫樹脂,繼續收集流出液于 30 ml Corex 管中。
5. 層析柱流干以后,用 2.5 倍體積的水稀釋流出液。
6. 加入 8 倍體積的乙醇,于 4℃ 置 15 min 使 DNA 沉淀。然后于 4℃ 以 17000 g ( 12000 r/min,Sorvall SS-34 轉子)離心 15 min 收集 DNA。
7. 將上清倒入一個潔凈的離心管,加入等體積的無水乙醇。4℃ 靜置至少 15 min,然后以 20000 g ( 13000 r/min,Sorvall SS-34 轉子)離心 15 min 收集 DNA。
如果第一次沉淀不能因收所有的質粒 DNA,則再加一次乙醇(Hildeman and Muller 1997)。
8. 用 70% 的乙醇洗滌上述兩次所得的 DNA 沉淀,然后盡可能去除所加的 70% 的乙醇, 并讓殘留液體于室溫下揮發。
9. 用 2 ml H2O 或 TE ( pH 8.0 ) 溶解 DNA 沉淀。
若用于 DNA 測序,DNA 應溶于 H2O 中;若 DNA 需長期保存,TE ( pH 8.0 ) 是更好的選擇。
10. 若此重溶后的 DNA 從其顏色或當在紫外線照射時發出的熒光判斷還明顯含有溴化乙錠,則再次用酚或酚:氯仿抽提一次,然后再用乙醇沉淀 DNA。
11. 測定 DNA 終溶液的 OD260 值,計算 DNA 的濃度。分裝成小份貯存于 -20℃。