MOFE患者由于原來諸器官功能低下，免疫力下降，以及原患有多種疾病，長期使用多種藥物，加之多個器官在短時間內相繼或同時衰竭，因此治療難度較大。在治療中常遇到多種棘手的矛盾，如肺衰機械通氣與血壓下降、器官低灌注的矛盾；胃腸道衰竭消化道出血時止血藥的應用與誘發心腦血管閉塞性病變的矛盾；腎衰血透、血濾等凈化治療時肝素應用與凝血障礙的矛盾；糾正低血容量與心衰、心律失常的矛盾。使用抗生素控制感染與腸道菌群失調的矛盾。使用激素與胃腸道出血的矛盾；廣譜抗生素應用與肝腎功能不全的矛盾等等。對這些矛盾應根據每個患者的具體情況，全面分析對比，權衡利弊得失，妥善處理，防止顧此失彼。