最常見的并發癥是肺炎。一般以繼發性細菌性肺炎較常見，以金黃色葡萄球菌、肺炎球菌和嗜血桿菌為多見。原發流感病毒肺炎較少見， 多見于原有心、肺疾患者（特別是風濕性心臟病、二尖瓣狹窄患者）或孕婦，病死率較高。
其他并發癥包括Reye's綜合征、中毒性休克綜合征。Reye's綜合征限于2～16歲的兒童，主要與B型流感（或水痘、帶狀皰疹）有關。臨床上在急性呼吸道感染數日后出現惡心、嘔吐、繼而嗜睡、昏迷、驚厥等神經系統癥狀，進一步發展為昏迷，近年來認為與服用阿司匹林有關。中毒性休克綜合征多在流感后出現，伴有呼吸衰竭，胸片可顯示成人呼吸窘迫綜合征，但肺炎病變不明顯。血液中可有流感抗體上升，氣管分泌物可找到致病菌，以金黃色葡萄球菌為多見。