電聚焦的優點：有很高的分辨率，可將等電點相差0.01-0.02pH單位的蛋白質分開；一般電泳由于受擴散作用的影響，隨著時間和所走的距離加長，區帶越走越寬，而電聚焦能抵消擴散作用，使區帶越走越窄；由于這種電聚焦作用，不管樣品加在什么部位，都可聚焦到其電點，很稀的樣品也可進行分離；可直接測出蛋白質的等電點，其精確度可達0.01pH 單位。
