疏水層析根據蛋白表面疏水性的不同，利用蛋白質與疏水層析介質疏表面可逆的相互作用來分離蛋白。純水狀態下，任何疏水作用都太弱而不能導致配基與蛋白之間的相互作用。某些鹽卻可以增強疏水相互作用。高濃度的鹽會增強相互作用，而低濃度的鹽會降低相互作用。但是目前尚無被廣泛接受的關于疏水相互作用層析機制的理論。
影響因素：環境溫度，鹽濃度。
