支氣管肺炎
支氣管肺炎為最常見的并發癥，多為繼發感染所致，可發生在病程中任何時期，但以痙咳期多見。發生支氣管肺炎時，陣發性痙咳可暫時消失，而體溫突然升高，呼吸淺而快，口唇發紺，肺部出現啰音，外周血白細胞升高，以中性粒細胞升高為主，X線胸片檢查可見肺炎病變。
肺不張
肺不張是由支氣管或細支氣管被黏稠分泌物部分堵塞，多見于肺中葉和下葉，可能與中葉分泌物引流不暢有關。
肺氣腫及皮下氣腫
由于痙咳及分泌物阻塞，可導致肺氣腫，當肺泡高壓，肺泡破裂可引起肺間質氣腫，通過氣管筋膜下產生頸部皮下氣腫，通過肺門可引起縱隔氣腫，通過胸膜臟層可產生氣胸。
疫咳腦病
疫咳腦病是最嚴重的并發癥，發生率2%～3%，主要發生于痙咳期，表現為反復抽搐，意識障礙，高熱，甚至出現腦水腫、腦疝而危及生命。發生機制是由于痙咳而引起腦血管痙攣，導致腦缺氧，腦出血所致。
其他
原有較嚴重心血管疾病可引起心力衰竭。原有結核病可致活動。此外，由于長期經常性嘔吐、厭食造成營養不良。舌系帶與下切齒磨擦而致舌系帶潰瘍，由于劇咳時腹腔壓力增高，可致臍疝、腹股溝疝、直腸脫垂等。
