病原體在人群個體之間傳播時，主要是通過以下途徑侵入機體。
1.通過粘膜傳播 許多病毒都是經粘膜感染而致病的。有些病毒感染可能局限于粘膜，有些病毒感染也可擴散至鄰近組織和淋巴管并入血流，引起病毒血癥（viremia）。再經血流擴散至靶器官，引起典型病變及臨床表現。也有些病毒在感染過程中可形成二次病毒血癥，最后侵入靶器官致病。
2.通過皮膚傳播 有些病毒可通過昆蟲叮咬或動物咬傷、注射或機械損傷的皮膚侵入機體而引起感染。如蚊蟲叮咬可傳播流行性乙腦炎病毒，狂犬咬傷可傳播狂犬病病毒。
3.醫源性傳播 有些病毒也可經注射、輸血、拔牙、手術、器官移植引起傳播，如乙型肝炎病毒及丙型肝炎病毒等。