（一）細菌學檢查
1.顯微鏡檢查
腦脊液涂片革蘭染色或堿性亞甲藍染色檢查致病菌。革蘭染色用于檢查肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、葡萄球菌、銅綠假單胞菌、鏈球菌、大腸埃希菌等；堿性亞甲藍染色用于檢查腦膜炎球菌。顯微鏡檢查對化膿性腦膜炎診斷的陽性率為60%～90%。如果懷疑為結核性腦膜炎，可采用抗酸染色，油鏡下尋找抗酸桿菌。新生隱球菌檢查常采用印度墨汁染色法，若呈假陽性，可采用苯胺墨染色法。
2.細菌培養
主要適用于腦膜炎奈瑟菌、鏈球菌、葡萄球菌、大腸埃希菌、流感嗜血桿菌等。同時，也要注意厭氧菌、真菌的培養。
3.ELISA法
檢測結核桿菌抗體：結核桿菌感染時，可產生特異性的抗結核抗體，可采用最簡便、靈敏度高的ELISA法檢測此抗體。如果腦脊液中抗結核抗體水平高于血清，這對結核性腦膜炎的診斷及鑒別診斷具有特殊價值。
（二）寄生蟲檢查
1.腦脊液涂片檢查
2.腦囊蟲檢查
腦囊蟲補體結合試驗診斷腦囊蟲的陽性率可達88%；致敏乳膠顆粒玻片凝集試驗診斷腦囊蟲的符合率為90%；ELISA法對診斷腦囊蟲病具有高度的特異性。
3.梅毒螺旋體檢查
神經梅毒的診斷首選靈敏度、特異性均很高的螺旋體熒光抗體吸收試驗（FTA-ABS）；其次選用性病研究實驗室玻片試驗（VDRL），其靈敏度為50%～60%，特異性為90%。現多使用快速血清反應素試驗（RPR）為篩檢，梅毒螺旋體微粒凝集試驗（TPPA）為梅毒確診試驗。
