2 ．病原菌的分離與培養
分離病原菌的材料要求是具有典型患病癥狀的活的或剛死不久的患病生物，病原菌的分離方法如下。
體表分離：先將病灶部位表面用 70% 酒精酒精棉球擦拭消毒或取病灶部分小片或 用經酒精燈灼燒的解剖刀燙燒消毒，再 用接種環刮取病灶深部組織或直接挑取部分深部患病組織，接種于普通肉湯培養基增菌或直接在普通瓊脂平板上劃線分離。
內部組織器官：用 70 ％酒精浸過的紗布覆蓋體表或用酒精棉球擦拭，進行體表消毒，無菌打開病魚的腹腔，以肝、腸、心臟等臟器為材料，
先將擬分離病原的部位表面用 70% 酒精棉球擦拭或用 經火焰上灼燒后的解剖刀燙燒，以殺死表面的雜菌，隨即在燒灼部位刺一小孔，用滅菌的接種環（待冷
2 ～ 5
秒）伸向燒灼部小洞中，用手指將接種環輕輕旋轉兩次，借以達到取足材料的目的。左手持握普通瓊脂平板，并靠近火焰，右手持取材后的接種環在瓊脂平板上分區劃線接種。劃線時接種環面與平板表面成
30 ～ 40
度的角輕輕接觸，在平板表面輕快地移動，接種環不應嵌入培養基內，且不要重復，否則形成菌苔。劃線完畢，蓋上皿蓋，接種環滅菌后放下，并在平皿底部用記號筆注明接種材料、日期及操作者代號。也可對實質性臟器用無菌剪刀下一小塊，用鑷子夾住病料使其剖面接觸潔凈的玻片，作多個觸片，染色后在顯微鏡下直接鏡檢，能快速獲得結果。
鰓部：用無菌接種環刮取鰓上的分泌物劃平板。
血液及體液：用無菌注射器吸取病魚血液和體液，滴于平板涂布；或用滅菌后的接種環挑取血液和體液后于平板上劃線，分離細菌。
接種后的平板經 30 ℃ 左右培養 24 ～ 72h 后， 檢查菌落生長情況，對菌落檢查的主要內容包括：
（ 1 ）大小：其大小以 mm 表示，微小菌落：針尖大，直徑小于 0 . 5mm ，如支原體菌落、豬丹毒桿菌菌落；小菌落：直徑在 0 . 5 ～
1 mm 之間，如嗜血桿菌、布氏桿菌菌落；中等大小的菌落：直徑在 1 ～ 3 mm 之間，如巴氏桿菌、沙門氏桿菌菌落；大的菌落：直徑大于
3mm ，如炭疽芽孢桿菌菌落等。
（ 2 ）形態：圓形，不規則形（根狀、樹葉狀）
（ 3 ）邊緣：整齊，不整齊（鋸齒狀、蟲蝕狀、卷發狀）
（ 4 ）表面：光滑、粘液狀、粗糙、荷包蛋狀、漩渦狀、顆粒狀
（ 5 ）隆起度：隆起，輕度隆起，中央隆起，平升狀、扁平狀，臍狀（凹陷狀）
（ 6 ）顏色：無色、灰白色、白色、金黃色、紅色、粉紅色
（ 7 ）透明度：透明、半透明、不透明
（ 8 ）溶血性： β －溶血（完全溶血）， α －溶血（不完全溶血），不溶血
根據菌落數量和特征，挑選可能的病原菌菌落進一步劃線純化 1 ～ 2 次后，將經純化的可能病原菌用于感染試驗。
3 ．病原菌的確定
將從患病材料中分離的所有可能病原菌經純化和擴大培養后分別進行人工感染實驗。目前最常用的人工感染接種方法有浸泡、口服和注射法等，究竟選用哪一種方法最合適，需要根據不同的疾病類型和可能的侵入途徑而定。如體表的病，可采用浸泡法（包括創傷浸泡）；體內的疾病，可采用口服、注射法。由于絕大部分病原菌都是條件致病菌，因此在人工感染實驗時還要注意感染菌的用量，接種量過大，即使該菌并不是引起實驗材料致病的病原菌，也可能會因大量菌體裂解釋放的大量內毒素而使感染生物死亡，為了量化感染菌的危害程度，可以測定感染細菌對接種動物的半數致死量（
LD 50 ），根據 LD 50 的大小來判斷其致病力的強弱。只有 LD 50
相對較低、感染引起的死亡與實驗材料有相同癥狀、并且經回接實驗還能分離到相同的細菌時，才能確定所分離的細菌為引起實驗材料致病的病原 。
在感染實驗時，感染對象要求是 沒有患病史的同種生物，在感染前要經過 1 ～ 2 周的暫養，感染數量要 30 尾以上（至少要 10 尾以上）。必要時，還要將溫度控制在適合疾病爆發的水平 。感染過程中要 定時投餌和換水，同時安排合適的對照組。
4 ．病原菌的鑒定
分別觀察病原菌的形態以及檢測其各種生理生化指標，通過查閱伯杰氏手冊確定病原菌的種類；也可直接用細菌鑒定儀測定病原菌的種類。