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  • 發布時間:2019-09-10 13:10 原文鏈接: 痘苗DNA檢測實驗

    • PCR 法

    • 斑點雜交法

    • Southern 雜交法

               

    實驗方法原理
    實驗材料

    貼壁生長良好的單層 BS-C-1 或 HuTK-143B 細胞 重組病毒噬斑懸液

    試劑、試劑盒

    PBS 胰酶/EDTA 干冰/乙醇 DNA 提取緩沖液 乙酸鈉 乙醇 PCR 擴增緩沖液 引物 完全 MEM-10、MEM-2.5 和 MEM-5 培養基 完全 MEM-10/BrdU 培養基 篩選試劑 4 dNTP 混合物 MgCl2

    儀器、耗材

    24 孔組織培養板 杯狀超聲儀

    實驗步驟

    實驗試劑準備詳見「其他」。


    1. 吸出匯片生長單層細胞的培養基。


    1.1 對于 XGPRT 篩選,用 BS-C-1 細胞。


    1.2 對于 TK 篩選,用 HuTK-143B 細胞。


    2. 用 37℃ 的 PBS 或胰酶/EDTA 洗細胞 1 次,以除去剩余血清。


    3. 用剛好覆蓋單層細胞、37℃ 的胰酶/EDTA(對于 150 cm2 培養瓶需要 1.5 ml)覆蓋細胞。消化 30 s (細胞應該分開),晃動培養瓶使細胞完全分開。


    4. 加入 8.5 ml 適當培養基。


    4.1 對于 BS-C-1 細胞,使用完全 MEM-10 培養基


    4.2 對于 HuTK-143B 細胞,使用完全 MEM-10/BrdU 培養基。吸打細胞懸液數次使團塊散開。


    5. 用血球計數器對細胞進行計數。


    6. 將 1.25 ×105 細胞/孔放入 24 孔組織培養板培養(每孔終體積為 0.5 ml),至細胞匯片(應小于 24 h)。


    7. 將小管中的病毒置于冰水上,在杯狀超聲儀上以最大功率超聲 20~30 s。


    8. 吸出組織培養板中的培養基,用一個重組病毒噬斑感染一個孔的細胞,一般用噬斑懸液的一半體積(如有0.5 ml 的噬斑懸液用 0.25 ml),溫育 1~2 h,期間每隔 15~30 min,輕輕搖晃培養瓶。


    9. 加入 1 ml 含適當篩選試劑的完全 MEM-2.5 培養基,培養直到細胞病變(細胞變圓)明顯(一般 24~48 h)。


    9.1 對于 XGPRT 篩選,加入 1/400 體積的 10 mg/ml  MPA、1/40 體積的 10 mg/ml 黃嘌呤、1/670 體積的 10 mg/ml 次黃嘌呤。


    9.2 對于 TK 篩選,加入 1/200 體積的 5 mg/ml BrdU。


    10. 用細胞刮刀輕輕刮下細胞,轉移到離心管中,最大轉速離心 30 s。棄培養基;再加入 1 ml PBS,渦旋混勻,最大轉速離心 30 s 棄 PBS,用 0.5 ml PBS 重懸。


    11. 反復凍融法裂解細胞懸液:用干冰/乙醇冷凍細胞,再將細胞放入 37℃ 水浴鍋,且渦旋解凍。如此進行 3 次。


    12. 將重懸的細胞懸液置于冰水混合物上,在杯狀超聲儀上以最大功率超聲 20~30 s。


    13. 取 50~100 μl 細胞懸液移至微量離心管中。加入 1/10 體積的 DNA 提取緩沖液,輕輕翻轉數次使其混合,37℃ 放置 2 h 至過夜。


    14. 用等體積的平衡苯酚抽提 1 次,再用等體積的氯仿抽提 1 次。


    15. 加入 1/10 體積 pH 6.0,3 mol/L 的乙酸鈉(終體積為 0.3 mol/L)和 1.5 體積 95% 的乙醇。 -20℃ 放置 20 min。


    16. 4℃ 以最大轉速離心 15 min,棄上清。用冰浴的 70% 乙醇洗滌,空氣中晾干。


    17. 用 20 μl 去離子水溶解沉淀。在冰上配制下列反應混合物:

    10 μl 溶解的模板 DNA

    5 μl 10 × 無 MgCl2 的 PCR 擴增緩沖液

    5 μl 10 mmol/L 4 dNTP 混合物

    5 μl 100 μmol/L 引物

    5 μl 15 mmol/L MgCl2

    24.5 μl H2O

    覆蓋上礦物油。

    此步驟使用高保真的 PCR 試劑盒(BoehringerMannheim)更好。


    18. 用下列熱循環參數進行 PCR 反應。

    35 個循環:20 s 95℃ (變性)

    20 s 55~60℃ (復性)

    1~2 min 72℃ (延伸)

    1個循環:5 min 72℃ (延伸)

    最后一步:無限時 4℃ (保存)

    此條件適合擴增 1 kb 大小的片段。


    19. 瓊脂糖凝膠電泳分析 PCR 產物。

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    注意事項

    1. 所有培養都在加濕的 37℃ 5% CO2 培養箱中培養,除非有特殊說明。


    2. 與活細胞接觸的器械和試劑都應該是無菌的,操作也必須無菌。

    其他

    試劑:

    磷酸緩沖液(PBS)

    胰酶/EDTA(0.25%:0.02%),37℃

    完全 MEM-10、MEM-2.5 和 MEM-5 培養基

    完全 MEM-10/BrdU 培養基

    篩選試劑(過濾除菌,-20℃ 保存):

    10 mg/ml(400×)麥考酚酸(MPA;Calbiochem),溶于 0.1 mol/L NaOH(XGPRT 篩選);

    10 mg/ml(40×)黃嘌呤,溶于 0.1 mol/L NaOH(XGPRT 篩選);

    10 mg/ml(670×)次黃嘌呤,溶于 0.1 mol/L NaOH(XGPRT 篩選);

    5 mg/ml(200×)5-溴脫氧尿苷(BrdU),溶于水(TK 篩選)

    干冰/乙醇

    DNA 提取緩沖液

    3 mol/L 乙酸鈉,pH 6.0

    95% 和 70% 冰浴的乙醇

    10 × 無 MgCl2 的 PCR 擴增緩沖液

    10 mmol/L 4 dNTP 混合物

    100 μmol/L 引物(序列按照插入的外源基因的位點設計)

    15 mmol/L MgCl2

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