（1）標本采集：主要用自然咳痰法。通常以清晨第一口痰（肺、氣管深處的）作標本最適宜。細胞學檢查以上午9～10時留痰為宜。立即送檢，否則不超過24h內防腐，用過的標本需經滅菌后再處理。
（2）理學檢查：排痰量以ml/24h計，健康人無痰或僅有少量白色或灰白色粘液痰或泡沫痰；新咳出的痰無特殊氣味。
1）顏色：正常人，偶有少量白色或灰白色黏液痰。觀察時，最好將痰置于培養皿中，在黑色背景下觀察。①黃色、黃綠色：見于肺膿腫、肺炎、肺結核、支氣管擴張和慢性支氣管炎。②紅色、棕紅色：見于肺結核、肺癌、急性肺水腫、支氣管擴張。鐵銹色痰，多見于肺梗死、大葉性肺炎。③爛桃洋灰黃色：見于肺吸蟲病引起的肺組織壞死。④棕褐色（咖啡色）：見于阿米巴肺膿瘍，慢性充血性心力衰竭肺淤血。⑤灰色、灰黑色：見于礦工、鍋爐工和長期吸煙者。
2）性狀：①漿液性：見于肺淤血、肺水腫。②黏液性：見于支氣管哮喘、急性支氣管炎、早期肺炎。③膿性混濁：見于肺膿腫、支氣管擴張、膿胸向肺內破潰，活動性肺結核。④漿液膿性：見于肺膿腫。⑤黏液膿性：見于肺結核、支氣管擴張等病。⑥血性：見于肺結核、肺梗死、肺癌、肺吸蟲病、支氣管擴張等。
3）異物：①支氣管管型：為纖維蛋白、黏液和白細胞等在支氣管內凝集而成。呈灰白色，含血紅蛋白時呈棕紅色。咳出時卷曲成團，放入生理鹽水中可展開呈樹枝狀。見于纖維蛋白性支氣管炎、慢性支氣管炎、大葉性肺炎及累積支氣管的白喉患者。②庫施曼螺旋體：為淡黃色或灰白色富彈性的絲狀物。常卷曲成團，展開后為螺旋體。在低倍鏡下所見為一扭成繩狀的黏液絲，中央貫穿無色發亮的致密纖維，周圍繞以柔軟的絲狀物。見于支氣管哮喘和哮喘型慢性支氣管炎。③干酪樣小塊：多見于肺結核患者的痰中。④硫磺樣顆粒：為放線菌和菌絲團形。呈淡黃色、黃色或灰白色，形似硫磺顆粒，粟粒大小。見于肺放線菌病。⑤肺石：為淡黃色或白色的碳酸鈣或磷酸鈣結石小塊，表面不規則，呈丘狀突起。由肺結核干酪樣物質失去水后鈣化形成，也可為異物進入肺內鈣化形成。⑥寄生蟲：痰中偶可檢出寄生蟲，如衛氏并殖吸蟲、蛔蟲和鉤蚴等。
（3）顯微鏡檢查
1）直接涂片檢查：取新鮮痰中異常成分（血性或膿性部分）少許，直接涂片或加生理鹽水混合后涂成薄片，加蓋玻片，輕壓后鏡檢。正常人痰涂片中，無紅細胞，可見少量中性粒細胞和鱗狀上皮細胞，不見柱狀上皮細胞及肺泡上皮細胞，偶見脂肪滴和髓磷脂小體。肺泡吞噬細胞吞噬了紅細胞則稱之為含鐵血紅素細胞，又稱為心衰細胞，見于肺部長期淤血、心臟代償功能不全，包括肺淤血、肺炎、肺梗死和肺出血患者痰中。
2）染色標本檢查：①革蘭染色：多用于一般細菌涂片檢查。但確診需經細菌培養和鑒定。②抗酸染色：用來檢查抗酸桿菌。③美藍-伊紅染色：用于痰液及白細胞分類計數，分析呼吸道炎癥和過敏情況。④瑞特染色：用于各種血.
細胞、上皮細胞檢查，如懷疑有癌細胞時，用巴氏染色法檢查識別。