癌癥干細胞被認為是造成癌癥轉移、復發，或是腫瘤對于化療、放射性療法產生抗性的原因之一。目前針對這個理論，學者希望研究出針對癌癥干細胞的療法，能夠專一性地殺死癌癥干細胞，以降低腫瘤產生抗藥性或是轉移的現象。
目前的癌癥療法都是基于動物實驗的結果，目前的認知是只要癌癥療法能將動物身上的腫瘤有效地縮小，就會被認為有其療效，然而要將實驗結果對照到人體醫療上仍有相當大的差距。比如說，以小鼠為例，生活周期很難超過兩年，如此短的生活周期無法提供癌癥復發的動物模型可供研究。
而癌癥干細胞的理論認為，因為現行的治療都無法專一性的針對癌癥干細胞，而癌癥干細胞在腫瘤里其實只占一小部分，只要化療、放射性療法沒有殺死所有的癌癥干細胞，就會有抗藥性或是復發的風險出現。