皮膚干細胞的臨床應用主要表現在幾個方面：（1）在細胞替代治療中的應用。當皮膚受到外傷、疾病等的損傷時，位于皮膚表皮基底層和毛囊隆突的皮膚干細胞就會在內外源因素的調控下，及時增殖分化生成相關細胞，以修復機體受損表皮、毛囊等結構。
特別是大面積Ⅲ度燒傷、廣泛瘢痕切除、外傷性皮膚缺損以及皮膚潰瘍等導致的嚴重皮膚缺損，僅靠創面自身難以實現皮膚的再生，需要足夠的皮膚替代物進行修復。這時可以進行自體皮膚細胞的培養并應用于創面覆蓋。
培養的皮片在體外及移植于創面后均保持有正常表皮的自我更新能力，即保留了干細胞自我更新與分化潛能的特性。培養的表皮除用于自體移植外，還用于異體移植，如應用于慢性潰瘍與Ⅱ度燒傷創面。直接利用皮膚干細胞進行組織原位修復。
