轉錄因子Tcf/Lef家族的調控 在胚胎早期發育中，上皮干細胞的發育受聯合轉錄因子編碼調控。最典型的轉錄因子是Tcf/Lef家族，它對上皮干細胞的增殖分化起著非常重要的作用。Tef/kf家族是Wnt信號通路的中間介質，當細胞內黏附因子β-catenin堆積時，可激活其介導的轉錄，促進細胞增殖；而當β-catenin分解加速時，誘導上皮細胞分化。
端粒酶的調控正常動物體細胞中端粒酶處于靜止狀態；而在干細胞中，端粒酶RNA表達較高，端粒酶處于活化狀態，隨著干細胞的分化，端粒酶活性逐漸降低，至終末分化細胞已檢測不出端粒酶活性。缺乏端粒酶的小鼠到第六代時出現了脫毛、傷口上皮再生障礙、造血干細胞再生受阻等異常，表明端粒酶水平的高低直接影響上皮干細胞的增殖和分化。
信號轉導通路絲氨酸蛋白激酶、酪氨酸蛋白激酶等信號通路在干細胞的增殖和分化調控中起關鍵作用。最近發現與癌基因有關的Wnt、HH(hedgehog)傳導通路與上皮干細胞的增殖分化密切相關，引起很多學者的高度重視，并且進行了大量研究。
