真核起始因子之間與核糖體之間存在著大量的相互作用，構成了一個相互作用網絡。其中，eIF3是介導這一相互作用網絡的中心點，它的一個或多個亞基可以與eIF1、eIF1A、eIF2、eIF4B、eIF4G、eIF5以及核糖體40S亞基相互作用。這些相互作用可能是穩定的，從而可以形成穩定的復合物參與翻譯起始進程；同樣也可能有許多動態的相互作用，使得翻譯起始進程是在可調控的情況下進行。
穩定相互作用
許多研究結果顯示，eIF1、eIF3、eIF2·GTP·Met-tRNAi和eIF5能夠在酵母體內結合，形成穩定的多因子復合物（MFC），而且MFC的完整性對于翻譯起始，特別是在AUG密碼子的選擇中十分重要。而MFC是以eIF5作為核心，通過eIF5的C端結構域與eIF1、eIF2的β亞基以及eIF3的c亞基相互作用來聚合形成的。
動態相互作用
真核起始因子之間的相互作用很多可能是動態的，而且只發生在起始進程中的特定點上。有多個實驗現象都支持這一觀點：
(1) 在一些因子與40S亞基解離后，另一些因子就可以與40S亞基結合；
(2) 發現在細胞中，形成復合物的一些因子的濃度要高于另一些因子，這就表明這些高濃度的因子部分參與形成復合物，而另一部分則不參與；
(3) 在一些例子中，兩個因子間的相互作用對于第三個因子能產生排斥，提示它們只能在起始進程的不同時刻發揮作用。例如，eIF1和eIF5的相互作用與eIF4G彼此排斥，eIF2和eIF4G的相互作用與eIF5，以及eIF5和eIF2B的相互作用與eIF2也相互排斥。