除少數真菌培養不成功外，多數真菌能人工培養，根據菌落的外觀及鏡下特征以確定菌種，彌補直接鏡檢的不足。
異常結果：淺部真菌(癬菌)僅侵犯皮膚、毛發和指(趾)甲，而深部真菌能侵犯人體皮膚、黏膜、深部組織和內臟，甚至引起全身播散性感染。深部真菌感染腸道即表現為真菌性腸炎，可獨立存在如嬰兒念珠菌腸炎，或為全身性真菌感染的表現之一，如艾滋病并發播散性組織胞漿菌病。
需要檢查的人群： 有黏膜損傷，深部組織損傷，全身播散性感染，念珠菌腸炎，播散性組織胞漿菌病等癥狀者。
