著絲粒區域一般處于異染色質狀態，這對于其對黏連蛋白復合體的招募十分重要。在這種染色質中，一般的組蛋白H3被另外的中心粒特異性蛋白（人類中為CENP-A）代替。 [4] CENP-A被認為對動粒在著絲粒上的組裝起重要作用。研究發現CENP-C幾乎專一地定位于結合CENP-A的染色質區域。在著絲粒區域中，對于人類，其組蛋白的主要修飾為H4K20me3和H3K9me3。 [5]
在裂殖酵母中，著絲粒異染色質的形成與RNAi有關。在線蟲類，一些植物，以及半翅類，鞘翅類昆蟲中，染色體主要以全著絲的形式存在，表明其不存在優先的微管蛋白結合位點