一個基因與它所屬染色體的著絲粒之間的距離稱為著絲粒距離。在不同的生物中，可用不同的方法測定著絲粒距離。在粗糙脈孢菌中，著絲粒和基因之間的距離可以根據子囊中子囊孢子的排列順序來測定，這是1932年美國微生物遺傳學家CC.林德格倫所首創的方法。在同一染色體上兩個基因的著絲粒距離都被測定后，這兩個基因之間的距離就可以斷定為兩者之和或者兩者之差。
子囊的排列方式有 6種，AAaa和aaAA這兩種稱為第一次分裂分離，AaAa、aAaA、AaaA、aAAa這四種稱為第二次分裂分離。前者基因A(a)和著絲粒之間沒有發生交換，后者A(a)和著絲粒之間發生了交換。
所以某一基因和著絲粒之間交換頻率愈高，第二次分裂分離子囊愈多。由于每次交換導致半數染色單體成為重組類型，所以在高等植物如小麥和棉花中，可以利用衍生的端著絲粒染色體進行著絲粒距離測定。例如某一雄性親本除了有一個正常的具中央著絲粒的染色體以外，還有一個由它的同源染色體衍生來的端著絲粒染色體。如果在正常染色體上有一個待測著絲粒距離的隱性基因，在端著絲粒染色體上有野生型的等位基因，帶有端著絲粒染色體的花粉缺少一條染色體臂，使它不能順利受精，因此大部分受精的配子都帶有隱性基因，即帶有正常的染色體。只有待測基因和端著絲粒染色體基因之間發生了一次交換，才能得到具有顯性野生型基因的配子。因此由這樣的雄性親本和純合隱性的雌性親本雜交子代中出現的野生型個體數便可推知交換發生的頻率，從而求得隱性基因的著絲粒距離。