現在質粒提取無論手提還是試劑盒，其根本原理大多還是堿裂解法：當菌體在NaOH和 SDS溶液中裂解時，蛋白質與DNA發生變性，當加入中和液后，質粒DNA分子能夠迅速復性，呈溶解狀態，離心時留在上清中；蛋白質與染色體DNA不變性 而呈絮狀，離心時可沉淀下來。
進一步的質粒DNA獲取，手提是經過苯酚、氯仿抽提，RNA酶消化和乙醇沉淀 等簡單步驟去除殘余蛋白質和RNA以及過多的鹽分，而試劑盒則在此基礎上使用DNA吸附柱來吸附質粒DNA，在洗脫得到質粒。
評價：1，可通過瓊脂糖電泳來檢查所獲質粒的大小（準確大小需酶切），有無細菌基因組DNA和RNA污染，以及質粒的斷裂多少，同時也可根據marke量對樣品進行大致的濃度定量；
2，通過紫外分光光度計測定樣品OD280和OD260，計算其比值來衡量樣品的純度。經驗值：純DNA：OD260/OD280≈1.8(＞1.9,表明有RNA污染；＜1。6，表明有蛋白質、酚等污染）。同時，用紫外分光光度計對其進行精確濃度定量。
去除蛋白質：如上所言，提取質粒過程中，一部分蛋白質會在堿裂解法中形成沉淀，得以去除；還有更多不能形成沉淀的蛋白質在用酚/氯仿/異戊醇進行抽提的過程中被去除。