堿裂解法是提取質粒的最常用也最有效的方法，是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異達到分離目的。
原理:高pH使質粒DNA和染色體DNA變性，同時沉淀蛋白質。再將pH值調至中性，質粒DNA較小，很容易復性成雙鏈。而染色體DNA較大，不會復性，纏結成網狀不溶物質，從而可以通過離心除去。
方法:依次加入下面三種溶液:
溶液1:
葡萄糖
50
mmol/L，EDTA
100
mmol/L，Tris-Cl
25
mmol/L,溶菌酶5mg/ml,pH
8.0
溶液2:
NaOH
0.2
mol/L，SDS
1%
溶液3:
5
mol/L
KAc
60
ml，冰乙酸
11.5
ml，重蒸水
28.5
ml
其中溶液1作用主要是懸浮菌體，溶液2作用是裂解菌體，釋放胞內物質，溶液3是沉淀染色體DNA